近几十年来，黄河河床淤积严重，行洪能力急剧降低，悬河形势加剧，防洪水位逐年抬高。1950～1998年，高村、孙口、艾山、泺口、利津5个水文站3000立方米每秒流量时水位分别抬高了3.94米、4.18米、3.72米、3.90米、2.70米。尤其是在1987年以来，黄河来水量较小，主河槽淤积进一步加剧，1987～1997年黄河下游河道主河槽平均每年淤高0.12～0.16米，平槽流量由6000立方米每秒左右降为3000立方米每秒左右，二级悬河的不利局面进一步加剧，即便是中常洪水也可能发生滚河、斜河和顺堤行洪，威胁堤防安全。
1. 黄河水资源现状
据统计，黄河多年平均河川径流量为580亿m³，仅相当于全国河川径流量的2%，却承担着向全国15%的耕地、12%的人口、50多座大中城市的供水任务，同时还担负着向流域外远距离调水。随着流域内工农业的发展，两岸年用水量由50年代的122亿m³猛增到90年代的300亿m³左右。其中农业用水是大头，约占92%，工业生活用水约占8%。从1972年起到1999年的28年间，黄河下游有22年断流，而1996、1997、1998年连续三年的断流时间均超过100天，1998年则长达144天。根据预测：正常来水年份情况下，2010年黄河流域缺水40亿m³，2030年缺水110亿m³，2050年缺水160亿m³左右，枯水年份还要增多。由此可见，用水需求已超出了黄河水资源的承载能力，黄河流域水危机的矛盾将会越来越突出。
2. 管理中存在的问题
为了缓解黄河流域水资源供需矛盾和黄河下游断流形势，国家计委、水利部颁布实施了《黄河水量调度管理办法》和《黄河干流水量分配方案》，并于1999年初成立了黄河水利委员会水调局，从1999年3月17日开始，对黄河供水实行统一管理和有计划的调配，自此以后，黄河下游未出现断流现象。管理中仍存在诸多问题：
2.1 管理体制
流域机构的法律地位和权限尚未明确，缺乏广泛的水行政管理权。流域机构只是水利部的派出机构，而非一级行政单位，其管理职能受授权限制，难以有效管理本流域的水资源。在用水高峰期，地方行政干预导致黄河系统管理的引黄涵闸无法按计划调度，增加了管理难度。
2.2 用水机制
我国现行用水机制不鼓励节水，导致黄河水资源浪费严重。节水无奖、浪费不罚，用水多少与经济利益关系不大。黄河水资源费未征收、水价偏低，节水投入成本大，使用单位缺乏节水积极性。农业灌溉仍以大水漫灌为主，引黄灌区工程不配套，渠道老化失修，工业用水单位耗水量高，重复利用率低。
2.3 水资源管理方式
水资源管理方式仍是简单粗放、低水平的管理，主要表现为：缺乏科学的规划和管理；缺乏有效的监督和问责机制；缺乏对水资源利用的有效约束。
黄河水资源危机日益严峻，其根源不仅在于水资源的有限性，更在于管理体制、用水机制和管理方式上的诸多不足。解决黄河水资源的难题，需要从根本上改革管理体制，建立健全用水机制，完善水资源管理方式，才能保障黄河健康可持续发展。